センター試験では、同一グループの科目間において２０点以上の平均点差が生じた場合には、同一科目の問題の難易差に基づくものとして認められる場合に限りまして、「得点調整」で平均点の調整がされます。
平均点の調整適用対象グループは、「地理歴史のＢ科目（３科目）」「公民」「理科のＩ科目（４科目）」の３つのみである。
この処理はセンター試験終了後から約１週間後に行われる平均点の中間発表の際に予告された上で実施される事になっています。
なおこの処理において対象となる受験者と対象とならない受験者間での公平性の観点から、平均点差の全てを調整するのではなく、調整後にも平均点差が１５点となるように調整されます。この平均点１５点の差というのは、通常起こりうる平均点の変動範囲なのです。
しかし、実際に平均点の調整が行われることは極めてまれです、センター試験の歴史の中でも平均点の調整は数回しか行われていません。１９９８年度には地理歴史において、日本史の得点を地理に近づける形で平均点の調整が行われた。
共通一次時代の１９８９年度には、物理・生物があまりに低く化学が非常に高かったことがあり平均点の調整が行われましたが、このときの調整法が０点でも５０点近くにまで調整されたということもあり、批判が多く出された。
また過去には、受験番号を記入して座っていただけで数十点獲得したといった例もある。８９年度の場合、設定予告なしで得点調整が行われたため、制度としても問題があるものでした。